PCR凝膠電泳問題，全都總結出來了！

1.Marker相關問題

1.1Marker 不直，偏斜或拖尾

原因：

1.膠配制的問題，制作不均勻或有污染或瓊脂糖質量不好；

2.電泳緩沖液過于老舊，考慮更換；

3.電壓太高，凝膠受熱導致不均勻；

4.電泳槽的電極歪斜；

1.2Maker 跑不開

原因：

1.膠濃度太大；

2.電泳時間太短；

2.PCR產物相關問題

2.1沒條帶

原因：

沒跑出來

2.2條帶微弱

原因：

1.DNA降解

2.上樣量過少

3.沒跑出來，產物濃度過低，需再次PCR

2.3非特異性擴增

原因：

1.引物設計不合理。需重新設計引物，balst檢測引物特異性；

2.試劑被污染。包括水，酶，引物等。重新更換；

3.退火溫度太高。提高退火溫度，增加退火時間，減少循環數；

4.酶加入過多；

2.4 PCR產物彌散，拖尾或偏斜，Maker正常

原因：

1. 引物保存不當，降解。重新配制引物工作液。

2.模板降解或過量。重新檢查模板質量，減少模板用量。

3.非特異性擴增。提高退火溫度，增加退火時間，減少循環數。

4.酶量過多或酶的質量差。

5. 有蛋白和鹽的污染。

2.5 PCR產物和Maker 都彌散或拖尾

原因：

1.膠配制的問題，制作不均勻或有污染或瓊脂糖質量不好；

2.電泳緩沖液過于老舊，考慮更換。

3.電壓太高，凝膠受熱導致不均勻。

2.6 PCR產物與目的大小不符合

原因：

1.引物特異性不好。需重新設計引物，balst檢測引物特異性。

2.存在新的異構體。

3.是目的基因，但大小有差異（我遇到過）。膠回收過后再次電泳條帶變為正常大小。遇到這個情況可以測序看看結果。

2.7 電泳孔亮

原因：有蛋白或者多糖的污染，這些大分子物質影響了DNA或RNA的出孔，使其停留在孔中或者出孔很慢。導致孔以及接近孔的位置很亮。

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